月经干净两天后又有褐色分泌物可能是多种原因导致的，具体分析如下：
月经来潮后两天出现黄疸，有可能是月经不调，可以去医院检查一下性激素六项，确定后可以服用中药进行调理。还有可能是阴道炎，建议到医院做妇科检查，检查阴道分泌物和白带常规。也有可能是因为宫颈糜烂，需要通过B超来确诊。也有可能是由于排卵期出血造成的。