大便有霉菌可以通过药物进行治疗，具体分析如下：
如果病人查大便涂片或大便培养中出现了霉菌（+)，就说明有霉菌感染。如果大便涂片显示有少量的霉菌，可以口服一些益生菌制剂，例如地衣芽孢杆菌活菌胶囊、复方嗜酸乳杆菌片、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等。如果是霉菌的数量比较多，需要口服氟康唑等药物，也可以通过静脉滴注来进行治疗。