截肢后幻肢疼痛可首先遵医嘱根据自身情况选用止痛药物进行处理。
首先，幻肢疼痛的情况可以通过使用抗癫痫药物和抗惊厥药物进行镇痛，这类药物可抑制病变神经元异常放电，从而达到不错的镇痛效果。常见的药物有加巴喷丁、普瑞巴林等。同时，患者可以配合使用得百宁利多卡因凝胶贴膏外用止痛，该药物可帮助抑制钠离子通道，阻挡疼痛信号向中枢的传导，从而达到减缓疼痛的效果。
如果药物治疗难以改善幻肢疼痛，也可以选用手术治疗或物理治疗的方式帮助改善症状，如残端探查术、切除残端瘢痕组织、经皮神经电刺激、针灸、微波疗法等，对于改善患者截肢后疼痛都有一定效果。