婴儿打喷嚏和流眼泪应针对不同病因进行不同处理，其常见的有：
1.急性上呼吸道感染在有病毒感染时鼻腔和眼结膜会有反应，可服用抗病毒药物，大多可选用利巴韦林鼻喷或阿昔洛韦眼用凝胶，如症状不甚明显可观察到，有条件可口服抗病毒药物。
2.因过敏所致，除有喷嚏流泪外，还伴明显瘙痒感，有过敏史者，可使用激素类鼻喷雾剂治疗，有条件者可口服抗过敏药物。