一般情况下，三个月宝宝大便有血丝可能是因为肠道炎症、过敏性肠炎、肛管破裂等导致的。具体分析如下：
当宝宝大便有血丝时，要及时去医院查看有没有肛门破裂，可以用红霉素软膏来治疗。另外，带宝宝的粪便在30分钟内去检查粪便是否正常，如果是由细菌引起的肠道炎症，可以用一些头孢类的药物进行治疗。过敏性疾病可以通过检查过敏源来减轻。