三个月的孩子如果脾胃不佳，可以用中药或者小儿推拿来进行治疗。可以口服醒脾养儿颗粒、婴幼儿健脾散等调理脾胃的药物。还可以口服益生菌，帮助宝宝维持肠道的正常菌群，促进肠道的消化吸收。
如果是母乳喂养的婴儿，建议妈妈在饮食方面要注意清淡、容易消化的原则，避免食用生冷的食品。在日常生活中要加强腹部的保暖，尽量不要着凉。可以每天给孩子按揉肚子，顺时针、逆时针按摩，以肚脐为中心。