通常情况下，3个月宝宝腋下体温39摄氏度，家长可以通过使用药物、日常护理等方式进行治疗。具体情况分析如下：
使用药物：3个月宝宝腋下体温39摄氏度说明宝宝发烧了，家长可以按照医嘱给宝宝使用小儿解感颗粒、小儿氨酚黄那敏颗粒、小儿柴桂退热颗粒等药物进行治疗。
日常护理：3个月宝宝腋下体温39摄氏度，家长应注意及时给宝宝添衣，给宝宝多喝热水，注意保持宝宝的房间温度适宜，以促进宝宝身体的恢复。