一般来说，宝宝三岁牙疼应该通过以下方式治疗。具体分析如下：
宝宝三岁牙疼，很有可能是因为牙髓炎或者是牙尖周炎引起的。如果宝宝三不经常刷牙，很可能会导致牙髓炎和根尖周炎的出现，常伴有牙龈肿大的症状，这种情况下，可以在保留的情况下进行根管手术，将根尖周内的粘液排出，在感染结束后用根管锉将根管清洗干净，然后用生理盐水清洗干净，最后用可吸收的药剂填充到根管中。
日常生活中，应当注意多饮水，适当食用新鲜的蔬菜、水果，饮食中可以合理增加富含膳食纤维的食物。