一般来说，婴儿生殖器畸形可通过以下方式进行处理，具体分析如下：
手术是治疗婴儿生殖器畸形的常见手段，但是不同程度的病情，手术方案不同。做尿道口成形术可以对症治疗轻微的尿道下裂；做阴茎矫正手术加尿道重建手术能有效改善较为复杂的尿道下裂；肾盂成型手术、输尿管扩张手术以及膀胱壁瓣输尿管成型术等能治疗输尿管狭窄等畸形问题。
在日常生活中，家长可以让患儿呼吸新鲜空气，多晒太阳，居室保持空气流通、新鲜。此外，患儿的饮食宜清淡、易消化，忌食辛辣、生冷的食物。