一般来说，三岁儿童发烧39℃应当采取以下措施。具体分析如下：
三岁儿童发烧39℃，这是一种高热。首先要带宝宝到医院做个血液常规的检测，看看是因为细菌还是病毒引起的。如果是由细菌引起，可以在医生的指导下口服头孢、阿奇霉素等抗生素进行治疗。如果是因为病毒引起的，可以遵医嘱口服阿昔洛韦颗粒、小儿利巴韦林颗粒等抗病毒的药。再用退烧剂，可以快速的退热。
需要注意的是，家长应当观察孩子的排泄物性状，如有异常及时送医检查。