手足口病病毒可通过实验室检查方法，主要方法如下：
1.病原学检查咽、气道分泌物、疱疹液、粪便中CoxA16、EV71等肠道病毒特异性核酸呈阳性或可分离出肠道病毒。
2.血清学检查显示，在手足口病急性期和恢复期血清中，核抗体会升高4倍以上，如CoxA16和EV71。
3.除了以上两项外，还要结合血常规和临床症状来明确诊断.确诊后要积极治疗。