一般情况下，宝宝半夜和早上醒来才咳可能是以下原因导致的：
在深睡的时候，宝宝的大脑皮质会进入充分的休息和深度的压制，从而控制咳嗽的中枢，进而可以有效地控制在深睡觉的时候不会咳嗽，在浅睡的时候，由于大脑皮质的一部份工作，导致咳嗽的作用会降低，从而导致半夜和早上醒来才咳。因此，宝宝半夜和早上醒来才咳，这是因为宝宝的咳嗽反应没有被压制。