孩子发烧后嘴巴有疱疹可以通过药物进行治疗，具体分析如下：
儿童发热后口腔有疱疹，一般是由于病毒、细菌、呼吸道感染等呼吸道感染引起的，如支气管炎、肺炎、上呼吸道感染等。此时可以使用红霉素软膏、柴桂解毒口服液、蓝芩口服液、板蓝根颗粒、阿昔洛韦软膏、小柴胡颗粒等。体温在38.5℃或更高的温度下，应用扑热息痛、布洛芬。需要做双肺的x光片或CT检查，确定病因，并根据情况调整治疗方案。