宝宝三个月了老是吐奶可能是宝宝贲门发育不成熟、胃肠功能紊乱、肠道先天发育畸形等原因导致的，具体分析如下：
三个月的宝宝偶尔会吐奶，一般不会有太大的问题，主要是因为孩子的贲门发育不够成熟。喂奶后会有恶心、呕吐的症状，要尽量减少喂奶的数量，每次喂奶之后要打饱嗝。每次喂奶后都会出现恶心、呕吐等症状，要考虑是不是病态的原因，首先要考虑是胃肠功能紊乱，可以使用肠道微生态制剂来改善肠道微生态环境，也不能排除肠道的先天发育异常。