一般来说，三个月婴儿咳嗽，一般是呼吸系统的初期征兆。当孩子出现发热、咳嗽、咳痰等症状的时候，需要到正规的医院进行血液常规检测，结果显示，白细胞计数增高，并伴有嗜中性粒细胞的比例增加，可以认为是细菌感染。可以在医生指导下使用阿莫西林、头孢克肟等。淋巴细胞百分数增高，说明是病毒性疾病，可以在医生指导下使用奥司他韦，阿昔洛韦，利巴韦林等。
此外，如果三个月婴儿咳嗽的情况比较严重，建议及时前往医院就诊治疗。