通常来说，孩子持续发热39度3天的原因，具体分析如下：
孩子持续发热39度3天，可能与细菌、病毒等因素有关。建议及时到正规的医院看小儿，做血常规、C-反应蛋白等检查，明确引起高烧的原因，然后进行药物的治疗。平时多给孩子多饮水，可以选择适当的物理降温，也可以通过口服药物降温。高热退烧，防止感冒，要多给孩子多饮水。
家长应该让孩子注意休息，保持营养均衡，早睡早起，同时适当带其到户外活动、呼吸新鲜空气，有助于身体健康。