一般来说，新生儿肚脐眼化脓应当采取以下措施治疗。具体分析如下：
新生儿肚脐眼化脓，这是由于局部的皮肤受到了细菌的影响。在处理上，可以使用络合碘、75%的乙醇进行杀菌消毒，还可以遵医嘱在局部涂抹百多邦软膏，这样可以起到较好的治疗效果。
需要注意的是，家长应当保持室内环境清洁，饮食方面应当营养摄入充足。