一般情况下，新生儿胃食管反流的主要症状是呕吐，轻者表现为溢奶。
临床常见的有不喝奶、容易激怒、睡眠质量不好等。新生儿胃食管反流体位与饮食方法十分重要，体位与前倾卧位俯卧30度为最佳。部分患儿因吸入反流物可反复出现呛咳、哮喘、支气管炎和吸入性肺炎等呼吸道感染症状，个别患儿会出现口腔溃疡及牙病、中耳炎等，而反流症状却不明显。