一般情况下，怀孕初期小便后纸上有褐色分泌物意味着先兆流产、宫外孕、尿道炎、尿道结石等问题。具体分析如下：
怀孕初期，小便后纸上有褐色分泌物，要注意观察是否有血液从阴道或尿道口流出。从阴道排出，通常是阴道内有不正常的流血，这是先兆流产，也有可能是宫外孕导致的。但是，从尿道口流出来，可能是尿道炎或者是尿道结石引起的。