通常情况下，怀孕40多天肚子疼可能与宫外孕、先兆流产、胃肠功能失调等有关。具体情况分析如下：
首先要排除宫外孕，其次怀疑先兆流产，另外还要看是否伴有胃肠功能失调。建议患者首先到医院做个超声检查，确定是宫内妊娠。检查结果正常，单纯腹痛，症状不严重，一般不需要治疗。休息观察一两天即可。如果有流血的情况，必要时在医生指导下进行保胎。腹部疼痛伴有恶心，呕吐，腹泻，也考虑可能是急性胃肠炎，建议注意饮食，必要时治疗。