怀孕40天肚子疼可能是多种原因导致的，具体分析如下：
首先，建议到医院进行B超检查，排除宫外孕。如果是宫内妊娠，很有可能是先兆流产，需要做血HCG、孕酮等检查，必要的时候要卧床服用黄体酮、维生素E等药物，同时要注意不能同房，以免受刺激导致流产。此外，在妊娠初期，由于盆腔充血，有些人会出现小腹部的轻微疼痛。