孕早期肚子隐隐作痛、有褐色分泌物可能是多种原因导致的，具体分析如下：
出现这种情况要及时到医院进行产前超声检查。这是先兆流产的典型表现，可能是子宫内出血，需要做超声检查，看看有没有液性暗区，看看有没有出血。在这个时候一定要注意卧床休息，不要到处乱跑，还要做孕酮检查，口服黄体酮。需要密切监测阴道出血和腹痛的缓解，如果出血持续增加，可能会导致流产。