一般来说怀孕快三个月了，肚子疼的原因很多，具体分析如下：
1.生理性肚子疼，比如子宫增大，牵拉周围韧带，都会导致肚子疼。这种肚子疼主要发生在起身弯腰的时候。
2.异位妊娠。如果怀孕快三个月，肚子痛，阴道出血，很可能是宫外孕，需要去医院做彩超确诊。
3.卵巢肿瘤，卵巢肿瘤引起的腹痛主要表现为肠绞痛、腹部不适、腹部异常肿胀等。