精子头部畸形率98%有很低的概率会自然怀孕。
一般情况下，正常形态精子所占比例应当大于4%，若是单纯的精子头部畸形率达到98%，和可能存在的体部或尾部的畸形，使之概率更高，就会有很低的概率会自然怀孕。另外，这可以通过抗氧化等治疗来改善精子畸形率，从而提高怀孕率。
此外，建议患者在日常生活中要注意饮食清淡，不要食用辛辣、刺激等食物；同时要注意休息，不要熬夜，保持好的心情。