怀孕三个月的时候是做nt检查的最佳时间，具体分析如下：
怀孕三个月为孕早期，在这个阶段做nt检查是最好的，nt检查是为了检查胎儿是否为畸形，如果是畸形则需要停止妊娠，并及时进行流产清宫。如果检查没有问题，则进行进一步的营养补充，促进胎儿发育。
建议孕妇在孕期定期进行产检，避免出现了问题，却无法及时发现并解决。