初期怀孕肚子有点疼可能是以下原因导致的，具体分析如下：
怀孕40多天可以去医院做B超检查，检查孕囊的发育。轻度的疼痛不会出血，可以在床上静养，如果出现严重的症状，可以考虑是不是想要流产，也可能是宫外孕，要注意观察阴道出血和腹痛的情况。如果出现阴道流血、疼痛等情况，可以去抽血检测孕酮，如果孕酮水平不高，可以服用黄体酮。