打了狂犬疫苗怀孕胎儿畸形可能是胎儿染色体异常、受到有毒有害气体的侵袭、射线长期刺激等原因导致的，具体分析如下：
狂犬疫苗的作用是防止狂犬病毒感染，防止狂犬病的发生，狂犬疫苗不会造成胎儿畸形，甚至在妊娠期间也可以接种狂犬疫苗。因此，如果注射了狂犬疫苗，孕妇胎儿会出现畸形，可能与打狂犬疫苗无关。还有一些其他的诱发因素，比如胎儿的染色体异常，或者是在怀孕的时候被有毒的气体或者是长期的辐射所造成的。