怀孕三个月胎停可能是胚胎基因缺失、环境污染、内分泌失调、子宫发育畸形等原因导致的，具体分析如下：
通常情况下，怀孕三个月胎停，可能是胚胎基因缺失引起的，这种情况胚胎生长非常困难，在早期就会停止生长。还可能是关于环境污染、食物安全以及放射等因素。如果内分泌失调，体内的内源性激素含量不够，比如黄体酮、雌激素、人绒毛膜促性腺激素，也会引起怀孕三个月胎停。如果子宫发育畸形，也会引起上述症状。