三岁男孩有包茎，一般有两种原因，具体分析如下：
1、先天原因，在胎儿时期，胎儿在发育时出现异常情况导致阴茎发育受阻，导致发育不完全。
2、孩子出生后患上尿道炎等生殖器炎症，并且没有及时发现，如果长时间没有治疗便会导致包皮于龟头粘黏在一起形成包茎。
建议患者发现病症情况后，及时前往正规医院查明病因，及时进行治疗。