肾结石微创手术后遗症通常有继发性出血、血尿、肾盂或者输尿管的损伤、输尿管黏膜的撕脱等，具体分析如下：
1、经皮肾镜肾结石碎石清石手术，可能对肾脏造成损伤，造成继发性出血，患者可能会出现肉眼血尿。严重的可能会导致失血性休克，需要手术止血，甚至需要手术切除。
2、输尿管镜肾结石碎石术，是通过尿道进入膀胱，进入输尿管，到达肾脏后，直接将结石击碎。输尿管镜手术存在一定的视野盲区，手术中可能残留结石，导致碎石不彻底；可能导致肾损伤，出现血尿；肾盂和输尿管都有可能受到损伤，如果出现输尿管粘膜撕裂，需要做自体肾移植手术。