通常情况下，男性尿道口刺痛流脓是包皮龟头炎、淋球菌性尿道炎、生殖器疱疹等病。
男性尿道口刺痛流脓可能是包皮龟头炎引起的。一般可以通过分泌物培养，然后选择对于的药物治疗。比如使用高锰酸钾溶液来清洗，之后涂抹红霉素软膏、盐酸金霉素软膏。另外，还可以口服左氧氟沙星片等抗生素。同时要大量的喝水，以此冲洗尿道，减轻感染。
不洁的性生活引起的性病，比如生殖器疱疹、淋球菌性尿道炎等也可能导致男性尿道口刺痛流脓。可通过分泌物培养明确感染情况，确之后淋球菌性尿道炎，一般需要选择青霉素进行治疗，生殖器疱疹一般可以使用更昔洛韦注射粉针治疗。