先天性巨尿道症的治疗方法有药物治疗、手术治疗等，具体分析如下：
如果先天性巨尿道症不伴有炎症、结石等并发症，可以在排尿后进行挤压。使其排空即可。如果常伴有泌尿系感染，需用抗生素来控制感染。环丙沙星、呋喃妥因、复方磺胺甲恶唑、左氧氟沙星、磷霉素等是泌尿系统感染的首选药物。必要时可通过尿道成形术将大量的尿道粘膜切除，形成尿道，用阴茎筋膜加强尿道，使其外形恢复到原来的样子。