肾结石微创手术有副作用，具体分析如下：
肾结石微创手术有一定的危险性，输尿管软镜碎石和经皮肾镜碎石是常见的治疗方法，常见的不良反应包括：周边组织、脏器、输尿管撕裂、穿孔、破裂、出血、感染、疼痛、结石残留、心脑血管等重要脏器的并发症。如果有这种不良反应，在做完手术的时候，或是做完手术，都会有相应的治疗方法。