通常情况下，精子卵子着床会小腹隐隐作痛5天左右。具体情况分析如下：
同房后，精子与卵子结合，受精卵一般需要5天左右才开始着床，着床后才能分泌人绒毛膜促性腺激素，由于患者受到人绒毛膜促性腺激素的影响，可能会出现小腹隐隐作痛的情况，一般5天左右会消失，因此精子卵子着床会小腹隐隐作痛5天左右。受精卵着床后还不是特别的稳固，在这个阶段尽量注意就不要同房。同房容易引起腹痛、阴道少量出血，严重者甚至引起先兆流产等不良的后果。