龟头阵痛可能是龟头炎、尿道炎、尿道结石等原因导致的，具体分析如下：
1、龟头炎会有局部的间歇刺痛，同时伴有局部红肿，龟头上会有小红点、红斑等变化，通常不会有排尿的异常。如果是包皮过长、包茎、局部清洁不佳等病人，都会出现这种情况。应及时进行相关的病因学检测，并给予相应的抗感染药物。
2、尿道炎可出现尿道粘膜水肿、糜烂、局部出血等症状，尿液会刺激到局部的炎症糜烂粘膜，从而引起龟头阵痛。通常可以通过尿常规来明确诊断。
3、如果有尿道结石，可能会有龟头阵痛，也可能是刺痛。由于结石堵塞在局部的粘膜，会引起长期的刺激，所以会出现长期的疼痛，这种疼痛可以通过尿道镜来诊断。