阴茎一阵一阵的痛可能是多种原因导致的，具体分析如下：
1、阴茎自身的疾病，如阴茎海绵体炎、阴茎海绵体炎、阴茎海绵体白膜炎、尿道炎、尿道结石、阴茎的血管神经炎等。
2、阴茎反射性疼痛是由于阴茎其他疾病所致，如：后腹膜疾病、输尿管结石、肾盂肾炎、前列腺炎等，会引起阴茎的反射性疼痛，可以到医院的泌尿外科做进一步的检查。