新生儿隐睾病因并不是很明确。
在胎儿期，睾丸会从腹膜后面慢慢地向下，到了胚胎晚期，睾丸就会下降到阴囊里。隐睾的病因并不是很明确，一般认为是由于睾丸引带丢失或者是发育异常引起的。睾丸引带是引起睾丸下移的重要原因。睾丸下移是由荷尔蒙引起的，由于睾丸自身发育不全，对垂体分泌的促性腺激素反应不灵敏，导致下移缓慢。