肾结石长期不除根会有危害，具体分析如下：
如果结石存在的时间过长，可能会引起尿道粘膜溃破出血，或者是细菌侵入粘膜，会出现腰痛、发热、尿频尿急等症状。如果结石反复与粘膜摩擦，会引起粘膜出血，并且会出现反复的血尿。结石会刺激粘膜，引起粘膜不典型增生，从而引发上皮癌。如果结石不能及时排出，则会造成阻塞，严重者可发生尿毒症、脓毒血症等。