通常情况下，龟头系带两边有肉芽可能是尖锐湿疣、生殖器疱疹等原因导致的，不同原因可采取不同的治疗方式。具体情况分析如下：
尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的一种传播疾病，生殖器周围的皮肤一般会表现为角化型斑块、乳头样或菜花样赘生物，因此龟头系带两边有肉芽可能是尖锐湿疣导致的。患者可以按照医嘱使用咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏、鬼臼毒素软膏等药物进行治疗。
生殖器疱疹：生殖器疱疹一般是由单纯疱疹病毒感染泌尿生殖器及肛门周围皮肤黏膜而引起，生殖器周围的皮肤可能会出现水疱、红疹、肉芽异常等症状，因此龟头系带两边有肉芽可能是生殖器疱疹导致的。患者可以按照医嘱服用阿昔洛韦分散片、盐酸伐昔洛韦片、泛昔洛韦片等药物进行治疗。