包皮翻起后有水疱可能是生殖器疱疹、包皮感染、包皮过敏等原因导致的，具体分析如下：
包皮翻起后有水疱需要到正规的医院做进一步的检查。单纯性疱疹病毒感染是生殖器疱疹，潜伏期2-7天，初期表现为浅红色丘疹，随后会出现水疱，水疱破裂后会有溃疡，可以服用阿昔洛韦。包皮炎症会导致包皮发炎，出现红肿、疼痛等症状，需要清洗干净，然后外用红霉素软膏。局部发红、水疱是包皮过敏的常见原因，建议局部清洁，服用抗过敏药物。