阴茎会痛的原因有很多，具体分析如下：
1、海绵体损伤，主要是由于伤后自慰或者是性生活太过剧烈，导致阴茎疼痛，在勃起的时候会更加剧烈。
2.前列腺炎症，是一种慢性疾病。慢性前列腺炎是一种比较复杂的疾病，主要是由阴茎和尿道区的疼痛所致。
3.泌尿系结石.尿道结石对尿道的刺激会导致尿道和阴茎的疼痛，当勃起的时候会出现疼痛的情况。