一般来说，龟头小便会疼主要是以下原因。具体分析如下：
龟头小便疼痛，通常是尿路感染的典型临床表现，主要与细菌、病毒等病原体感染有关，炎症刺激尿道粘膜后，通常会导致局部出现充血水肿的情况，严重者还可能有渗出，从而出现相关症状，并伴有尿频、尿急等症状，患者需要在医生的指导下进行治疗，帮助缓解不适症状。此外，急性细菌性前列腺炎也可能出现龟头小便会疼的情况，同时伴有会阴部疼痛、腰膝酸软等临床症状。