极少数危重的可有后遗症，多数是可以恢复的，预后还和病毒的分类有关系，病毒性脑炎的预后与病变的范围和病情的轻重有关。病情较轻时，其预后往往良好。如昏迷持续时间较长，或有频繁惊厥时，脑部缺氧及病理变化加重，预后多较差，容易留有神经、精神的后遗症。