手臂的皮下组织有疼痛的小疙瘩，具体如何治疗需要分情况讨论：
1.从外表上看不出来，可以从皮肤下感觉到，这是多发性脂肪瘤，多发性脂肪瘤伴有明显的压迫性疼痛，需要手术切除或肉毒素皮下注射，治疗多发性脂肪瘤也可以，但无法完全消除。
2.如果疼痛处有一个小疙瘩，伴有明显的隆起，可以看到少量的水泡、潮红、灼热等症状，需要考虑是带状疱疹，身体一侧出现，可以口服泛昔洛韦片，结合重组人干扰素凝胶。
建议患者及时就医，根据个人情况对症进行治疗，避免症状加重，加大治疗难度。