一般来说，男性生殖器长水泡消除方法是药物治疗。
如果外生殖器上有水泡，可能是因为生殖器疱疹，所以要及时的进行局部的分泌物，同时进行细菌培养和药物敏感试验。确诊后可以使用更昔洛韦注射粉针、伐昔洛韦注射粉针等抗病毒药物。服用药物10-14天左右，可以控制住体内的病毒，从而使生殖器上的疱疹逐渐消失。生殖器疱疹是一种极具传染性的疾病，在治疗过程中不能同房，必须要进行全面的治疗，以免再次发生。