阴茎根部长有阴毛的部位长出了肉疙瘩，可根据具体情况对症处理：
1.不排除是毛囊发炎，可以使用红霉素软膏，保持局部清洁和干燥，不需要进行任何治疗，毛囊导致的肉疙瘩会逐渐消失。
2.如果是病毒疣，可以通过激光点除和更昔洛韦软膏来治疗。
3.如果有过不洁的性生活史，要考虑是不是尖锐湿疣。经相关检查确诊后，要进行激光点除，同时还要进行全身抗病毒药物的治疗。
建议患者及时就诊，根据个人症状轻重进行相应治疗。