眼部扁平疣一般会自行愈合。
扁平疣是由病毒感染引起的，有传染性可自行接种，扁平疣有轻微的瘙痒，搔抓后再接触其它部位的皮肤，有可能出现新的疣体长出。患处擦维A酸乳膏、氟尿嘧啶软膏、病毒灵、异维A酸胶囊等。在治疗过程中要注意不能吃辛辣刺激性的食物，平时可以多吃一些清淡的食物，尽量不要去搔抓，要多运动，提高身体的免疫力。
需注意，眼部扁平疣一般持续1-3年，建议早期发现早治疗。