一般情况下，阴茎根部长小疙瘩可能是尖锐湿疣、炎性息肉等因素造成的，患者应对症治疗来消除，具体内容如下：
1.尖锐湿疣：病毒感染可能导致患者患有尖锐湿疣，可能出现阴茎根部长小疙瘩的情况。患者应及时就诊，可以遵医嘱通过冷冻、激光等方式进行物理治疗，以去除疣体。
2.炎性息肉：如果患者阴茎出现了炎症，可能会出现炎性息肉，可能导致患者阴茎根部长小疙瘩。患者应遵医嘱使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物进行治疗。