微波对躯干、四肢表浅疣去除效果好，但对面部和掌跖的疣体作用不明显。
微波是通过电和热的方式来破坏皮肤，在治疗过程中会产生二次伤害。躯干、四肢表面的疣体在2-3天内干燥结痂，2周后就会脱落，愈合后不会留下明显的疤痕。但是面部的疣体，由于微波治疗后疤痕较多，不宜选用。掌跖疣体通常较深，微波治疗后伤口易感染，恢复缓慢，痛苦大，应尽量避免。