阴茎长了扁平疣可以选择药物治疗、冷冻治疗等方式来改善，具体内容如下：
1.药物治疗：扁平疣可主要是人乳头瘤病毒感染引起的，表现为手部以及面部出现扁平的丘疹，患者可以在医生的指导下使用氟尿嘧啶乳膏、利巴韦林气雾剂等药物进行治疗。
2.冷冻治疗：如果扁平疣的体积比较大，患者可以到医院通过冷冻的方式进行治疗，能够达到去除的目的。